De twintigjarige Daniel droomt ervan priester te worden, maar maakt vanwege zijn strafblad geen schijn van kans. Zijn leven krijgt echter een onverwachte draai als hij tijdens werkverlof in een dorpskapel wordt aangezien voor een jonge priester. De lokale gemeenschap kan hem goed gebruiken en Daniel besluit in zijn rol te blijven om het dorp te helpen met een onverwerkt trauma. Maar terwijl hij steeds zelfzekerder wordt als charismatische, onorthodoxe priester, ligt ontmaskering op de loer en wordt de angst dat zijn criminele verleden hem inhaalt steeds groter.

Priesters worden in Polen nog altijd gezien als betrouwbare autoriteitsfiguren die veel aanzien genieten. Corpus Christi is dan ook zeker niet uit de duim gezogen: regisseur Jan Komasa baseerde de film losjes op een waargebeurd verhaal.